审查机构按照通则和审查细则的要求对企业申报材料、审查组提交的审查文书及检验机构提交的检验报告进行汇总并审核。主要是审核企业材料是否齐全、审查材料是否规范有效，检验报告中检验项目、判定原则等是否有效，企业申请条件和产品质量是否达到规定的要求，企业申报的产品是否符合相关的法律规定和产业政策等。审查机构在汇总、审核的基础上，根据每家企业的复核结果填写《审查意见书》，按照《实施办法》的规定，对企业的审查包括企业的实地核查和对产品的检验，两项全部合格为企业审查合格，其中一项不合格即判为企业审查不合格。审查机构据此对企业审查结果进行判定，并按照合格和不合格分别填写《审查报告书》及待发证企业登记表、企业审查不合格登记表。
审查机构应当自接到《检验报告》之日起10日内，将《审查报告书》、《审查意见书》、《食品用包装、容器、工具等制品生产许可申请书》、《企业实地核查报告》、《检验报告》、待发证企业登记表、企业审查不合格登记表各一份报送全国生产许可证审查中心。为便于管理，审查合格企业和审查不合格企业的材料应进行分类。
在办理生产许可证过程中，企业发生名称变更，导致上报材料中企业名称、住所名称、生产地址名称不一致的，为提高行政许可效率、支持企业的发展，可由企业及时报送相关证明材料，允许其在许可决定前进行变更。
审查中心对审查机构上报的企业申报材料进行复核，以核实审查机构的核查工作是否符合规定的程序和时限，产品检验机构是否具有相应的资格，企业申报材料是否符合规定的要求，参与核查工作的人员是否符合规定的资质要求，并对核准的企业进行编号，最后将审查情况及复核意见报国家质检总局审定。
时限要求：审查中心应自收到审查机构上报材料之日起10日内完成对上报材料的复核。
审查机构应当将企业的申请书及申请材料、《企业实地核查记录》、《企业实地核查报告》和《检验报告》等原始材料存档备查，保存期限为3年。
