虽然食品包装已经有了了很多改进和巨大变化，但仍然存在诸多问题。有问题即意味着食品安全存在隐患。
国家包装食品监督检测中心的邵忱先生称，食品与包装的可溶性问题是一个隐藏的不安全因素。具体来说，不是所有的食品都是短期储存的，如果储存期是几个月甚至是一年，那么很难说包装材料与食品会不会发生化学反应，如果发生化学反应，自然无法保证食品的安全。因此，根据不同食品选择不同材料的包装显得尤为重要。但目前的状况是，能意识到这一问题的厂家很少，同时现有的包装技术还不能完全解决这一问题。
北京农学院食品科学系副教授谭锋指出，包装安全度还有待提高。啤酒瓶爆炸伤人事件暴露了包装在技术上的漏洞，据悉有的厂家已改进了啤酒瓶的制作工艺，推出了小瓶包装，小瓶包装在减少啤酒容量的同时还能起到降低产生压力的作用。北京市卫生局食品监督科的胡克强称，食品包装不仅应该保证原有的食品品质，还要在延长食品保质期上下功夫，例如是否能在包装材料中添加新的技术，使得包装本身具有抑制食品腐败、杀菌、延长仲裁质期等功效，这将大大提高食品的安全系数。
此外，食品包装如果强化伪功能，即可能把不安全的食品在消费者购买之初挡在门外。众所周知假冒食品的危害不堪设想，而据记者了解，目前很多食品厂家都在包装上引入了防伪技术。北京市卫生局食品安全监督科的胡克强告诉记者，值得注意的是，塑料袋、塑料瓶、玻璃瓶包装意出现问题，因为这些包装材料都是可回收利用的，在重复使用中，如果厂家没有严格对其进行卫生清洗，很可能会对食品造成污染。
